Il borgo attuale di Ceri venne fondato nel 1236 su un precedente piccolo abitato risalente al VII secolo quando gli abitanti della vicina Caere (Cerveteri) abbandonarono quest'ultima per trasferirsi in una posizione meglio difesa naturalmente.

Al nuovo centro diedero il nome di Caere Novum (oggi semplicemente Ceri, per distinguerlo dalla città antica, Caere Vetus (oggi Cerveteri). Nello stesso periodo, per motivi di sicurezza, venne costruito il castello che troneggia a difesa del borgo.

Fra il XIII secolo ed il XIV secolo Ceri fu dominio dei Normanni, per divenire di proprietà di alcune delle più grandi famiglie romane: dagli Anguillara (della quale fu esponente Renzo di Ceri) ai Cesi, ai Borromeo, agli Odescalchi e per finire ai Torlonia, che in gran parte ne sono ancora proprietari.

Nella piazza principale del paese sorge la chiesa della Madonna di Ceri, nel luogo dove anticamente esisteva il culto della dea Vesta. Nel 1980, durante un restauro, su una parete dell'edificio sono venuti alla luce degli affreschi attribuiti al XII secolo, rappresentanti alcune scene tratte dall'Antico Testamento.